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Alphaflod2爬取ID号通过关键词和序列比对
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04-02
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``` import requests import pandas as pd # 读取CSV文件 esol = pd.read_csv("eSol_test.csv") # 创建一个空列表来存储entryId entry_ids = [] # 遍历每一行 for gene, sequence in zip(esol['gene'], esol['sequence']): keyname = gene res = requests.get(f"https://alphafold.ebi.ac.uk/api/search?q=%28text%3A%2a{keyname}%20OR%20text%3A{keyname}%2a%29&type=main&start=0&rows=20") found_id = None # 初始化found_id为None # 检查响应是否成功 if res.status_code == 200: for item in res.json()['docs']: uniprotSequence = item['uniprotSequence'] entryId = item['entryId'] if uniprotSequence == sequence: print(gene, entryId) found_id = entryId break # 将找到的ID添加到列表,如果没有找到则添加None entry_ids.append(found_id) # 将entryId列添加到DataFrame esol['entryId'] = entry_ids # 保存修改后的DataFrame到新的CSV文件 esol.to_csv("eSol_train_with_entryId.csv", index=False) ```
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